No Estado de São Paulo a deficiência de micronutrientes é rara. Os micronutrientes mais importantes são manganês, boro, zinco, cobre e molibdênio. Os de menor importância são cobre e ferro. As deficiências de micronutrientes só aparecem com o uso excessivo de calcário, fósforo e potássio; no caso do ferro, pode ocorrer toxidez devido ao excesso de chuvas. Altas produtividades de soja exigem níveis elevados de correção de acidez do solo, entretanto, no caso do Mo, é possível reduzir a necessidade de calagem com aplicação do elemento. Em cultivo intensivo é necessário o uso de micronutrientes.
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