Atlas 3D revela organização do genoma do kiwi

Pesquisadores da Zhejiang A&F University e da Zhejiang University construíram um atlas tridimensional do genoma do kiwi (Actinidia chinensis). O trabalho analisou tecidos de folhas e frutos e relacionou a organização da cromatina com marcas epigenéticas e expressão gênica.

A equipe produziu mapas de captura da conformação cromossômica por Hi-C in situ. O experimento reuniu três repetições biológicas por tecido e gerou cerca de 6,51 bilhões de leituras pareadas. Os cientistas integraram os dados com análises de acessibilidade da cromatina, metilação do DNA, sete modificações de histonas e sequenciamento de RNA.

O atlas identificou compartimentos A e B, subcompartimentos hierárquicos, domínios semelhantes a TADs e alças de cromatina. Folhas e frutos apresentaram organização global semelhante. As diferenças surgiram em escalas menores. Os frutos concentraram mais contatos de curta distância. As folhas registraram maior proporção de interações de longa distância.

Os subcompartimentos do tipo B ocuparam cerca de 55% a 60% do genoma. Essas regiões concentraram elementos transponíveis, metilação do DNA e marcas associadas à repressão gênica. Regiões do tipo A apresentaram maior atividade transcricional e marcas de cromatina ativa.

O estudo identificou 68 genes com expressão predominante nos frutos. Desse total, 63 apareceram dentro de domínios semelhantes a TADs em folhas e frutos. Mais de 60% desses genes ficaram no compartimento B no tecido do fruto. Apenas oito coincidiram com pontos de ancoragem de alças de cromatina.

Os resultados indicam maior relação entre a expressão específica dos frutos e a organização local dos domínios da cromatina. As alças de longa distância mostraram associação limitada com as diferenças de expressão entre folhas e frutos. O atlas oferece uma referência para estudos funcionais e evolutivos em frutíferas perenes (doi 10.1093/hr/uhag076).